Сенімді және қауіпсіз төлем жүйелері мемлекеттің қаржы жүйесінің тұрақтылығының артуына ықпал етеді, тұтастай алғанда, қаржы ресурстарын тиімді пайдалануды қамтамасыз етеді және қаржы нарықтарының өтімділігін жақсартады, сондай-ақ сатушылар мен сатып алушылардың арасындағы уақытылы есеп айырысуға кепілдік береді.
Бұрынғы орталықтандырылған жоспарлау жүйесінен мұра болып қалған және бұрынғы Кеңес Одағының Мемлекеттік банкі қолдау көрсететін Қазақстанның қолма-қол ақшамен жасалмайтын есеп айырысу жүйесі нарық экономикасының жаңа талаптарына сай келмеді. Соған байланысты, Қазақстан Республикасының Ұлттық Банкі 1991 жылы төлем жүйесіне реформа жүргізуді бастады.
Бастапқы қалыптасу сатысында Қазақстан Республикасы төлем жүйелері реформасының негізгі мақсаттары банктер мен олардың клиенттері арасында төлемдердің жүргізілуін (90-шы жылдардың басында бір төлемің өткізілуі 3-12 күнді құрайтын) жылдамдату, сондай-ақ айналысқа әр түрлі төлем құралдарын (тапсырмаларды, чектерді, төлем талаптарын) мейлінше кең ендіру болып табылды.
Төлем жүйесін реформалаудың алғашқы қадамы 1991 жылы коммерциялық банктердің филиаларалық айналымдар (ФАА) шоттарының Қазақстан Республикасы Ұлттық Банкінің филиалдарында ашылған корреспонденттік шоттарға көшуі болып табылды, мұның өзі ФАА-ны жабуға, банкаралық есеп айырысуларды ұйымдастыруды реттеуге және коммерциялық банктерге кассалық қызмет көрсетуді орындауды қамтамасыз етуге мүмкіндік берді.
Банкаралық есеп айырысуды қамтамасыз ету мақсатында Ұлттық Банк 1992 жылы барлық аудандарда, қалаларда, облыстық орталықтардың қалалық аудандарында және Алматы қаласында есеп айырысу-касса орталықтарын құрды. 1992 жылдың ортасына таман Ұлттық Банктің 19 облыстық ЕКО және 274 аудандық ЕКО-лары жұмыс істеп тұрды.
1993 жылы техникалық құралдардың дайын болуына қарай, төлемдерді жылдамдату, сондай-ақ жалған авизоны пайдалануға жол бермеу мақсатында Қазақстан облыстарының арасындағы есеп айырысуларда электрондық төлемдерді ендіру басталды.
1995 жылы Ұлттық Банктің негізінде Қазақстандағы тұңғыш Алматы клиринг палатасы (АКП) ұйымдастырылды, ол көпжақты өзара есептесу әдісі бойынша жұмыс істеді. Түпкілікті есеп айырысулар әрбір қатысушының таза позициясы бойынша операциялық күннің аяғында бір рет жүргізілді. Осы жүйенің негізгі кемшілігі қатысушы банктерге осы күннің аяғында қағаз тасымалдауыштардағы төлем тапсырмаларымен алмасу жүргізуге тура келетін еді. Бұған «электрондық төлем тапсырмасы» деген нормативтік бекітілген ұғымның және төлемдерді электрондық тәсілмен жүзеге асыруға мүмкіндіктің болмауы себепші болды.
Қазақстан Республикасының төлем жүйесін дамыту және жетілдіру мақсатында Ұлттық Банктің облыстық филиалдарының жанында аймақтық клиринг палаталары құрылды, олар аймақішілік төлемдердің банкаралық клирингін жүзеге асырды. Осы кезеңде барлығы 19 клиринг палатасы болды.
1996 жылы АКП Қазақстан Банкаралық Есеп айырысу Орталығы (ҚБЕО) болып қайта құрылды, оған қазіргі заманғы жабдық қойылды және электрондық төлем тапсырмаларымен жұмыс істеуге мүмкіндік беретін, қағаз тасымалдауыштардағы растауды талап етпейтін бағдарламалық қамтамасыз ету әзірленді. Бұл Қазақстан Республикасының заңнамасында төлемдерді электрондық тәсілмен жүзеге асыру мүмкіндігі көзделіп, «электрондық төлем тапсырмасы» ұғымы бекітілгеннен кейін мүмкін болды.
Республиканың төлем жүйесін дамытудағы маңызды сәттердің бірі 1996 жылдың тамызында ҚБЕО негізінде электрондық төлем тапсырмаларын өңдейтін, жалпы негізде есеп айырысуларды жүзеге асыратын және болашағы бар RTGS (нақты уақыт режиміндегі жалпы есеп айырысулар жүйесі) сипатындағы Iрі төлемдер жүйесінің құрылуы болды.
1998 жылдың қазаны мен қарашасы аралығындағы кезеңде жүргізілген Ұлттық Банктің орталық аппаратында екінші деңгейдегі банктердің корреспонденттік шоттарын орталықтандыру төлем жүйелерін жетілдіруге ықпал еткен маңызды іс-шара болып табылды. Корреспонденттік шоттарды орталықтандыру Ұлттық Банкке есеп айырысу банкінің және банктер банкінің функцияларын жедел жүзеге асыруға, төлем жүйесін және тұтастай алғанда, банк жүйесін бақылау функцияларының тиімділігін арттыруға мүмкіндік берді.
Бөлшек төлемдер нарығын дамыту және банк қызметіндегі осы салада көрсетілетін қызметтің сапасын жақсарту мақсатында Ұлттық Банк 1999 жылы Ұлттық Банктің облыстық филиалдары жанындағы клиринг палаталарын жауып тастады. Қазіргі уақытта бөлшек төлемдер клирингін ҚБЕО-ның клиринг жүйесі жүзеге асырады.
2000 жылдың аяғында ҚБЕО Ірі төлемдер жүйесі пайдаланушылардың шотындағы қол жететін қаражаттар шегінде нақты уақыт режимінде есеп айырысуларды (RTGS) жүзеге асыратын және халықаралық қаржы ұйымдарының жалпы негізде төлем жүйелеріне қоятын барлық негізгі талаптарына жауап беретін Банкаралық ақша аударымдары жүйесі (БААЖ) болып қайта құрылды. БААЖ-ды ендіру Қазақстанның төлем жүйелері дамуының келесі кезеңі болды, бұл жүйе мониторингінің және жүйеге қатысушы банктердің өтімділік тәуекелдерін басқару тетіктерін жетілдіруге мүмкіндік берді.
Қазіргі уақытта Қазақстан Республикасының аумағында екі ұлттық жүйе жұмыс істейді: Банкаралық ақша аударымдары жүйесі (БААЖ) және Банкаралық клиринг жүйесі (БКЖ).